反應性關節(jié)炎的患者如果說是非常的輕微，有可能會自愈，但是大部分都是需要經(jīng)過積極的治療。反應性關節(jié)炎的自然病程因人而異，可能與感染的微生物以及宿主本身的抵抗能力有很大關系。
大多數(shù)反應性關節(jié)炎的患者的預后比較好，經(jīng)過及時治療，患者一般可以完全恢復正常。第一次發(fā)作的寡關節(jié)炎一般在三到六個月內(nèi)緩解，大部分患者在兩年后病情能夠完全緩解，還有一少部分患者有可能會超過兩年。另外，有極少數(shù)患者，特別是伴有溢膿性皮膚角化癥的患者預后比較差一些。
但該病具有復發(fā)傾向，腸道、泌尿生殖道以及呼吸道感染可能是復發(fā)的直接誘因。通過長期的隨訪發(fā)現(xiàn)第一次發(fā)病三到四年以后，部分患者有可能會出現(xiàn)外周關節(jié)炎、肌腱端炎、虹膜炎或其他關節(jié)外癥狀的復發(fā)，髖關節(jié)受累，有可能表現(xiàn)為持續(xù)的血沉升高以及對非甾體類抗炎藥反應不好，部分患者可能出現(xiàn)與強直性脊柱炎難以鑒別的一些癥狀改變。另外，有一少部分患者會出外周或中軸關節(jié)炎。
