大部分的肝囊腫沒有什么明顯的危害，只有很少一部分就是肝膿腫的病人可引起一些比較嚴重的合并癥，極少數病人還可以發生癌變這些最嚴重的危害。
肝囊腫在臨床上我們一般都是指先天性的肝囊腫，先天性的肝囊腫又可以分為單發性和多發性的兩種。單發性的肝囊腫比較少見，尸檢檢出率為0.16%-0.19%，于女性多見，男女之比發的比例大概是一比四，可以出現于任何年齡，但是以二十到五十歲的多見。
單發性的囊腫有的囊腫小有的囊腫大，小的囊腫一般都沒有明顯的癥狀，也不需要進行特殊處理，所以這種的危害就很小，大的囊腫在引起癥狀之后經過治療，也不會引起什么特殊的危害，所以這種危害也比較小。
在多發性肝囊腫有兩種，一種是散在的肝實質內很小的囊腫，僅在在腹部手術探查肝臟的時候發現，這種的肝囊腫對身體危害性非常小，基本上沒有什么危害。另外一種叫做多囊肝，比多發的多見。大多數的病人了可以合并多囊癥，也可以合并有胰腺、脾臟、卵巢、肺的囊腫，多見于四十到六十女性。
多發性的肝囊腫很少引起門靜脈高壓和食管靜脈曲張，但可以合并有膽管狹窄、膽管炎、還有肝炎，晚期還可以引起肝功能損害，出現腹水、黃疸、肝脾腫大、食管靜脈曲張，腹壁靜脈擴張等等。大約有19%的肝臟的海綿狀血管瘤，合并有多囊肝，還有很少的，極少部分的多發性肝囊腫的病人，還會合并有癌變。
