特發性腎上腺皮質萎縮主要原因是自身免疫性的損傷,多數以上的特發性腎上腺皮質萎縮患者當中檢測到針對腎上腺皮質的抗體,而細胞毒性T淋巴細胞也是它的病因之一,其中50%左右。
同時可以伴有其他自身免疫性內分泌疾病,被稱為自身免疫性多發內分泌腺病綜合征,主要有兩種,一型、二型,一型少,二型多。一型常見于兒童平均的發病年齡是十二歲,屬于常染色體隱性遺傳,二型常發生于多代患病的家族當中,具有顯性遺傳的特征,平均發病年齡是24歲,一型和HLA無關,而二型和B8,D23和D24相關,發現它和第六對染色體有關系,兩者情況都是自身免疫性的損傷,如在大多數患者血循環當中存在一種或數種針對內分泌性的自身抗體,都可以提示自身免疫性的異常。