首先停用抗生素，一旦確診明確立即停用原用的抗生素，最常見(jiàn)的是氨芐西林、青霉素、頭孢菌素，林可霉素，輕型病人停藥后48小時(shí)癥狀明顯好轉(zhuǎn)七到十天就可以治愈，嚴(yán)重的病例較長(zhǎng)一些。
治療過(guò)程中禁用抗腸蠕動(dòng)的藥物，因?yàn)榭鼓c蠕動(dòng)的藥物極易引起直腸蠕動(dòng)，可增加腸道中桿菌和毒素的停留吸收。
使用這類(lèi)藥物可以誘發(fā)中毒性巨結(jié)腸，使用萬(wàn)古霉素在治療難辨梭狀芽孢桿菌的效果可達(dá)百分之百，劑量為每公斤體重四十毫克，分三次服用，療程七到十天，一般用藥兩到四天癥狀即可消失。
甲硝唑每天每公斤體重二十毫克分三次服用，七到十天為一療程，也可同時(shí)選用萬(wàn)古霉素、利福平每天十到十五毫克每公斤體重，分三次口服療程一到兩周。
危重病人有重度性腸麻痹，腸穿孔不能口服時(shí)，可選用上述藥物交替靜脈點(diǎn)滴，但任何一種藥物單獨(dú)靜脈點(diǎn)滴時(shí)均不能使結(jié)腸內(nèi)藥物達(dá)到足以消除病菌的濃度，一旦病情好轉(zhuǎn)應(yīng)立即改為口服。
