肺炎鏈球菌是正常人咽部的常駐菌，尤其在冬春季節健康人的鼻咽部常可培養出肺炎鏈球菌。正常人的呼吸道大多有防止肺部感染的保護機制和咳嗽反射，所以一般肺炎鏈球菌不引起發病，當進入氣道的細菌數量太大或者呼吸道的正常反應功能損害時，才能引起發病。
大多數的肺炎鏈球菌看病前有感冒的癥狀，很快出現寒戰，咳嗽，胸痛，咯血痰等癥狀，體溫上升到39到40攝氏度，呈稽留熱，伴有頭疼和乏力，肌肉酸痛等。百分之六十到八十的患者因為炎癥波及胸膜出現嚴重的胸痛，胸痛隨呼吸和咳嗽而加重，病變在下葉嚴重會波及橫隔，表現為腹痛，甚至誤認為急腹癥。
90%的病例會有咳嗽，初期為干咳，進而出現咳少量黏痰，最后是膿性痰，有四分之三的患者痰中帶血或呈鐵銹色痰，鐵銹色痰是由于滲出到肺泡內的紅細胞破壞，釋放出的含鐵血黃素混于痰中而形成的。三分之一的病人或三分之二的兒童，病程早期有消化道的癥狀，惡心，嘔吐，腹脹，腹瀉等。
病變廣泛時因肺泡的換氣不足缺氧會引起氣急，鼻翼煽動和紫紺，嚴重患者可有神志的改變。早期肺部的體征是不明顯的，我們聽起來病變部位呼吸音減低或者有少許的濕羅音，大片實變時叩診呈濁音，觸覺語顫是增強的，聽診可以聽到支氣管呼吸音和濕羅音。X線檢查典型者可見到與肺段或者是肺葉一致的大片均勻的致密陰影，這個陰影在兩到三周內完全消散。
