任何細菌侵入尿路均有可能引起尿路感染,以大腸桿菌最為常見,約占60%~80%。其次為副大腸桿菌、變形桿菌、克雷白桿菌、產氣桿菌、產堿桿菌、糞鏈球菌、葡萄球菌或綠膿桿菌,偶爾還可由真菌、病毒、寄生蟲等致病。
上述尿感的致病菌主要來自腸道平時就有的致病菌或平素寄生在腸道內的條件致病菌。感染的一般規律是首次尿路感染,無癥狀的細菌尿,其致病菌常為大腸桿菌。
而在住院期間得的尿路感染,有尿路梗阻者,用過多種抗菌藥物者,經導尿或膀胱鏡等器械檢查者,多為糞鏈球菌、變形桿菌、克雷白菌等感染。綠膿桿菌尿感常見于器械檢查后,變形桿菌則多見于泌尿系結石,金黃色葡萄球菌常為血源性感染。