肛瘺的手術方式有很多種，對于簡單的低位肛瘺，我們就采用一次根治術，把他的瘺管徹底地切開，把感染的內口清除就可以了。對于高位的或者復雜性的肛瘺，我們就要進行一些嚴格的術前檢查，同時針對不同的肛瘺，我們采用不同的手術方式。對于高位的肛瘺，我們可以采用膠管引流術，使它的高位病灶能夠促進它的引流通暢，這樣能夠保留更多的肛門括約肌。
同時我們對于大范圍的肛瘺，我們可以采用多個切口的對口引流術。對于半馬蹄的肛瘺，或者高位蹄鐵型肛瘺，我們采用一種主灶的切開，對口引流術，這種經典的國際上的Hanley術式，就可以針對性的治療。這樣能使大范圍的病灶進行一些小切口的，多個切口的處理，能夠把他切口當中的正常組織保留得更多，這樣恢復的更快一些。
當然對于一些涉及括約肌的高位肛瘺，我們盡量采用掛線的治療。這種掛線相對來講，實掛對于他的療效更肯定些。臨床當中也可以采用一些虛掛的治療，當然這種虛掛治療，它的治愈率可能不能得到百分之百的保障。國際上講這種虛掛的治療，它的復發率能達到20％-30％。所以我們主張還是盡量實掛，采用多切口的小創口的處理，對于肛瘺的治療可能更好一些，不單能夠治愈它，同時能夠用更小的損傷治愈它。
