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顱腦磁共振檢查對閉塞性腦血管病的檢出率高,而且發現時間早。當顱腦ct掃描在發病后24小時呈現陰性的時候,顱腦磁共振檢查已能清楚地顯示出病灶,最早發病6小時即可以顯示出來。另外ct掃描對顱腦20毫米以下的小軟化灶顯示不清,而顱腦磁共振檢查則可以描記出小到直徑8到15毫米的腔隙性腦梗死.

另外ct掃描對于腦干,小腦以及顱底等部的病灶,由于易受顱骨干擾而容易出現偽影。磁共振檢查則沒有此項缺陷,CT掃描和磁共振檢查對腦出血確認率均為百分之百。但是對于血管畸形,動脈瘤診斷,腦ct檢查,需要注射對比劑才能顯示,而顱腦磁共振檢查不僅能清楚的證明畸形血管出血,還能對隱形的動靜脈畸形做出判斷,這無疑給禁忌使用對比劑的患者帶來方便。

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