并不存在雙腎多發囊腫的最佳治療方案這一說法，此說法沒有科學依據。雙腎多發囊腫可以通過一般治療、應用抗感染藥物、應用止痛藥物、腎囊腫穿刺引流術、腎囊腫切除術等方法治療，一旦有不適癥狀，建議及時就醫。
1、一般治療：
雙腎多發囊腫的形成原因主要與遺傳因素、不良的生活習慣等有關，患病后會影響腎臟的正常結構和功能，進而誘發腎區疼痛、血尿等癥狀。患者在生活中應注意低鹽、低脂、低鈉的飲食，平時也可以適度的進行活動，比如散步、練瑜伽、打太極等，這樣做能夠促進身體的新陳代謝，也有利于增強體質。
2、應用抗感染藥物：
如果雙腎多發囊腫患者伴有感染，可以遵醫囑在餐前或餐后應用阿莫西林膠囊、頭孢克肟顆粒、頭孢呋辛酯顆粒等抗生素類藥物治療，規范使用，能夠起到抗感染的作用。
3、應用止痛藥物：
如果患者疼痛感明顯，可以遵醫囑應用布洛芬膠囊、對乙酰氨基酚顆粒、吲哚美辛膠囊等藥物改善，此類藥物能夠抑制前列腺素的合成，從而發揮鎮痛的作用。上述藥物通常可以在醫生指導下選擇餐后應用，以減少胃腸道反應。
4、經皮腎囊腫穿刺術：如果雙腎多發囊腫患者通過保守方式治療無效，可以在醫生操作下通過經皮腎囊腫穿刺術治療，術后第一天應絕對臥床休息，一天后可以適度的下床活動。
5、腎囊腫切除術：
也可以在醫生操作下通過腎囊腫切除術治療，該方式能夠直接將病變部位去除，術后局部傷口不能立即愈合，建議用醫用碘伏或醫用酒精，對傷口部位進行消毒，這樣做能夠預防傷口感染。
雙腎多發囊腫患者生活中也需要遵醫囑定期去醫院復查，以便了解病情的具體恢復情況。
