孩子起床尿液渾濁而且腰痛可能是腎盂腎炎、腎病綜合征、輸尿管結石等疾病導致，可以在醫生的指導下應用藥物治療或者通過手術的方式治療。
1、腎盂腎炎：本病的發病原因主要與病原體感染有關。患病后可導致病原體在泌尿系統中異常繁殖，導致小便渾濁，患病后炎癥還會對腎盂局部進行刺激，引起腰痛。可以在醫生的指導下應用阿莫西林顆粒、頭孢克肟顆粒、頭孢呋辛酯顆粒等藥物治療。
2、腎病綜合征：本病的發病原因可能與感染因素有關，也有可能與遺傳因素有關，患病后可能會出現大量的蛋白尿，引起尿液渾濁、泡沫增多，患病后還有可能會導致腎臟周圍的神經以及腰部神經受到刺激，引起腰痛、腎區疼痛等。可以在醫生的指導下應用環孢素軟膠囊、醋酸潑尼松龍片、復方環磷酰胺片等藥物治療。
3、輸尿管結石：尿路異常、機體代謝改變等因素有可能會引起輸尿管結石，患病后有可能會導致輸尿管平滑肌痙攣，結石還有可能會刺激周圍的黏膜引起腰痛，較小的結石跟隨尿液排出時可導致尿液性狀發生改變，可行輸尿管切開取石術、輸尿管硬鏡激光碎石術等。
除了以上比較常見的原因以外，也有可能是腎結石引起，可通過體外沖擊波碎石術、經皮腎鏡碎石取石術等手術方式進行治療，有利于改善臨床癥狀。
